Obszar objęty Dyrektywą Siedliskową obejmuje 80 – kilometrowy, równoleżnikowo biegnący odcinek doliny rzeki Pilicy o szerokości od 1 do 5 km, na odcinku pomiędzy miejscowościami Inowłódz – Ostrówek – Mniszew (ujście do Wisły) oraz dolinę rzeki Drzewiczki.

Na terenie byłego województwa radomskiego obszary europejskiej sieci Natura 2000 Dolina Dolnej Pilicy PLH 140016 oraz Dolina Pilicy PLB 140003 zlokalizowane są jednocześnie w Obszarze Chronionego Krajobrazu Dolina Rzeki Pilicy i Drzewiczki. Północną granicę obszaru stanowi stroma skarpa, o wysokości względnej do 20 m, miejscami pokryta roślinnością kserotermiczną. Część południowa doliny Pilicy jest płaska, w znacznym stopniu pokryta lasami. Rzeka Pilica na całym jej odcinku włączonym do sieci Natura 2000 silnie meandruje i ma naturalny charakter. Wynikiem tego są liczne wysepki, łachy i ławice piasku. Większość wysepek jest o dość sporej powierzchni, na których porastają krzewy oraz zarośla i zadrzewienia – przeważnie wierzbowe.

Po wybudowaniu w 1973 r. zbiornika Sulejowskiego przepływ wody w rzece zmniejszył się o około 25%. Naturalne zalewania i podtopienia doliny podczas wezbrań powodziowych należą obecnie do rzadkości, co ma wpływ na zmniejszenie nawodnienia doliny. Terasa zalewowa jest częściowo zmeliorowana, dominują na niej przede wszystkim łąki i pastwiska o różnym stopniu wilgotności oraz zbiorowiska turzyc i trzcin. Wilgotne zagłębienia terenu porośnięte są między innymi wierzbami i olszą. Część łąk i pastwisk, w tym zmeliorowanych, na skutek braku użytkowania i upadku rolnictwa (wypas bydła) porasta krzewami i drzewami lub zabagnia się. W części południowo-zachodniej na powierzchni kilkuset ha rozciągają się tzw. Błota Brudzewskie, największe torfowisko w dolinie, zmeliorowane i osuszone w znacznej części w poprzednich latach.

Na południu, w okolicy miejscowości Promna, występuje kompleks trofiarek (ponad 16 ha). Na obrzeżu obszaru, po południowej stronie rzeki pomiędzy miejscowościami Gapin i Grzmiąca rozciąga się największy i najcenniejszy kompleks leśny obejmujący zróżnicowane siedliska leśne, od boru świeżego poprzez lasy łęgowe do olsu jesionowego. W okolicach Duckiej Woli znajduje się kompleks leśny Majdan. Są to głownie lasy sosnowe na piaszczystych glebach oraz płaty drzewostanów liściastych z olszą i dębem, zajmujące bogate siedliska grądowe i bagienne. Dominującym typem użytkowania ziemi są tereny związane z rolnictwem, a lasy zajmują niewiele ponad 20% obszaru.

Zróżnicowana pod względem składu i wilgotności gleba, a także ekstensywnie uprawiane rolnictwo na terenie nieużytków zielonych stworzyły bardzo ciekawy, mozaikowy układ siedlisk, poczynając od kserotermicznych po bagienne. W ostoi nadal utrzymują się duże kompleksy łąk z bardzo bogatym składem gatunkowym.

Na terenie obszaru specjalnej ochrony siedlisk Natura Dolina Dolnej Pilicy PLH 140016 rozpoznano i oznaczono 10 typów siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Rady 92/43/EWG:

  • 3150 Starorzecza i naturalne eutroficzne zbiorniki wodne ze zbiorowiskami z  Nympheion, Potamion,
  • 4030 Suche wrzosowiska (Calluno-Genistion, Pohlio-Callunion, Calluno-Arctostaphylion),
  • 6120 Ciepłolubne, śródlądowe murawy napiaskowe (Koelerion glaucae),
  • 6410 Zmiennowilgotne łąki trzęślicowe (Molinion),
  • 6510 Niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie (Arrhenatherion elatioris),
  • 7140 Torfowiska przejściowe i trzęsawiska (przeważnie z roślinnością z Scheuchzerio-Caricetea),
  • 9170 Grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny (Galio-Carpinetum, Tilio-Carpinetum),
  • 91E0 Łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe (Salicetum albo-fragilis, Populetum albae, Alnenion,
  • 91F0 Łęgowe lasy dębowo-wiązowo-jesionowe (Ficario-Ulmetum),
  • 91I0 Ciepłolubne dąbrowy (Quercetalia pubescenti-petraeae).

Stwierdzono również 9 gatunków z Załącznika II tej dyrektywy oraz występowanie 575 gatunków roślin naczyniowych, w tym rzadkie, zagrożone i prawnie chronione.

Dolina jest od 1984 r. zasiedlona przez bobry, gdzie w chwili obecnej ich występowanie odnotowane jest masowo na całej długości rzeki Pilicy oraz wszystkich ciekach które uchodzą do Pilicy. Odnotowano również masowe występowanie wydry. Pilica jest jedną z ważniejszych w Polsce rzek z punktu widzenia ochrony ichtiofauny (występuje tu 7 gatunków ryb z Załącznika II Dyrektywy Rady 92/43/EWG):

- minog strumieniowy (Lampetra planeri),
- boleń (Aspius aspius),
- różanka (Rhodeus sericeus amarus),
- piskorz (Misgurnus fossilis),
- koza złotawa (Sabanejewia aurata),
- koza, kózka (Cobitis taenia),
- brzanka (Barbus peloponnesius).

Ostoja w znacznej części pokrywa się z OSOP Dolina Pilicy. Jest to ważna ostoja ptasia o randze krajowej K68.

Zgodnie z informacjami zawartymi w standardowym formularzu danych – Poważne zagrożenie stwarza zmniejszenie przepływu w rzece Pilicy, spowodowane przez Zbiornik Sulejowski i obniżanie poziomu wód gruntowych oraz przesuszanie łąk i pastwisk. Niekorzystny wpływ wywiera zmiana użytków zielonych na rolne, zabudowa rekreacyjna oraz zaniechanie użytkowania łąk i pastwisk, co uruchamia naturalną sukcesję roślinności krzewiastej i drzewiastej. Uwaga: Wykonywanie koniecznych prac z zakresu ochrony przeciwpowodziowej dotyczy różnych fragmentów doliny rzecznej i powinno się odbywać z uwzględnieniem wymogów ochrony siedlisk przyrodniczych i siedlisk gatunków, których ochrona jest celem utworzenia obszaru Natura 2000.

Na terenie obszaru Natura 2000 Dolina Dolnej Pilicy zlokalizowane są rezerwaty przyrody: Majdan (50,60 ha; 1990), Sokół (116,61 ha; 1995), Tomczyce (58,46 ha; 1968); niewielka część na terenie Spalskiego Parku Krajobrazowego (12875,0 ha; 1995) z rezerwatem przyrody Żądłowice (138,79 ha; 1968).

Projektuje się utworzenie 2 rezerwatów przyrody: Borowina i Warka.

Robert Małysa